北関東と東京を結ぶJR各線中距離電車と東京特別区を走る各通勤電車の北の結節点であり、また東北、上信越方面の各新幹線、その他在来線各線の優等列車が発着する東京の「北の玄関口」である。

JR東日本
コンコースは、地上、3階の公園口通路、大連絡橋、新幹線地下コンコースがある。
改札は地上の中央改札、中2階の不忍改札、3階コンコースの公園改札と入谷改札の計4か所である。

新幹線コンコースへは中央改札を入って右側の新幹線改札を利用する。

出口は中央改札正面の広小路口・正面玄関口や同左手の浅草口、不忍改札からは不忍口・西郷口・山下口、3階の入谷改札からは東上野口・パンダ橋口・入谷口などが利用できる。

同じく3階の公園改札からは公園口に直結していて、上野恩賜公園へはここを利用するのが近い。
正面玄関口および広小路口の出口からは、国道4号（日光街道）などを跨ぐ歩道橋が利用できる。
また駅を跨ぐようにパンダ橋が架かっており、自由に歩くことができる。

パンダ像は二つあり、実物の倍の大きさはある巨大なジャイアントパンダ像はパンダ橋口を出たところに、もう一つの小パンダ像は、大連絡橋コンコースにある。